BigStitcher：精准3D组织成像变简单
现代光学显微方法（如样本透明化、扩展显微镜）提供器官详细洞见，但产生海量难处理数据。先进光片显微镜虽能快速处理大样本，但产生TB级数据，科学家难以筛选整理。国际研究团队开发软件BigStitcher，让生物分析过程简单。它以类似Google地图3D模式方式重建复杂数据。
功能特性
BigStitcher让科学家获宏观全貌：可放大特定位置按需分辨率分析个别结构。具体支持交互式可视化、快速精准配准、实时融合、去卷积、多瓦多视角数据集空间分辨质量估计。可在补偿光学效应、提高精度前提下将样本尺寸加倍。重建大数据集需补偿采集过程引入的各类图像和强度变换，团队构建交互式分步过程，补偿所有相关变换并提供空间局部化的采集数据质量反馈。
参考文献：Nature Methods | DOI:10.1038/s41592-019-0501-0 | MDC
缩放功能让生物学家高分辨率查看微小细节，帮助回答问题：大脑哪里细胞分裂？特定神经投射终止于何处？RNA在哪表达？程序自动处理数据：高效管理大图像、稀疏数据集、质量估计、交互式融合。仅需几十分钟自动重建大数据集，支持透明样本、常规2D/3D共聚焦和宽场采集、瓦片多视角光片采集。这些特性使BigStitcher成为多实验室必备工具。基于ImgLib实现，在Fiji框架分发。无需密集计算资源，标准电脑即可运行，易于团队共享数据。开源免费，最新稳定版在GitHub获取。
果蝇幼虫神经系统两个虚拟直角横截面
延伸阅读：新型生物反应器用微小心脏组织模拟跳动心脏
工业技术