本研究描述了一种鉴别龙鱼性别的简单方法(Scleropages formosus )。 DNA 生物传感器能够以极低的水平检测特定的 DNA 序列,低至 M 级。制备了基于丙烯酸微球-金纳米颗粒 (AcMP-AuNP) 混合复合材料的电化学 DNA 生物传感器。疏水性聚(丙烯酸正丁酯-N-丙烯酰氧基琥珀酰亚胺)微球采用简便且完善的一步光聚合程序合成,并物理吸附在碳丝网印刷电极(SPE)表面的AuNP上。 DNA 生物传感器的构建简单地通过强共价连接将胺化 DNA 探针嫁接到琥珀酰亚胺功能化的 AcMP 上。 DNA 杂交反应是通过差分脉冲伏安法 (DPV) 技术确定的,使用蒽醌单磺酸氧化还原探针作为电活性寡核苷酸标记(表 1)。低检测限为 1.0 × 10
−18
M 具有 1.0 × 10
−18
的宽线性校准范围 到 1.0 × 10
−8
M (R
2
=0.99) 可以通过建议的 DNA 生物传感器在最佳条件下实现。龙鱼 DNA 的电化学检测可在 1 小时内完成。由于其体积小、重量轻,所开发的DNA生物传感器在开发用于鱼类养殖的功能性试剂盒方面具有广阔的前景。
通常,爱好者将龙鱼幼鱼放在水族馆中用于观赏以及在养鱼场进行养殖。然而,由于缺乏区分性别和颜色品种的辅助技术,所有类型的龙鱼幼鱼均以相同的价格出售。直到现在,还没有公开的方法来确定幼年龙鱼的性别和颜色。取而代之的是,已经使用基于龙鱼的遗传结构和传记的 DNA 分析进行了数百项研究,试图在它们的早期识别性别和颜色。基于体型和口腔估计的传统方法只能在龙鱼宝宝 3 个月左右时进行性别和颜色识别 [17]。然而,这种传统的目视检查方法耗时且经常提供不准确的结果。另一方面,广泛使用的基于 DNA 测序的标准方法,即聚合酶链反应 (PCR) 和凝胶电泳,需要大量的劳动力、时间和资源。先前采用了一种替代算法的发明问题解决 (ARIZ) 方法来检测龙鱼性别检测 [18]。 ARIZ 是一种用于性别检测的替代工具,包含九个不同的部分,总共 40 个复杂的步骤。它需要很长时间的学习和实践,需要经验丰富的人员来操作。例如,已经采用了ARIZ在各种工程系统中的应用,但大部分案例并没有涵盖ARIZ的所有要求和流程。
在这项研究中,通过 N-丙烯酰氧基琥珀酰亚胺 (NAS) 部分用琥珀酰亚胺官能团修饰的丙烯酸聚合物微球用作 DNA 探针固定的基质。正如 Chen 和 Chiu 2000 和 Chaix 等人先前报道的那样。 2003 [19, 20],琥珀酰亚胺官能团可以与胺官能团反应形成共价键。将 NAS 功能结合到用于 DNA 微生物传感器应用的丙烯酸微球中提供了一种简单制备方法的优点,其中可以在短时间内(几分钟)使用光聚合通过一步程序合成和功能化这些球。此外,微球的优点是体积小,为DNA探针固定提供了大的表面积,从而减少了反应物和产物的扩散障碍。这可以在更短的响应时间和更宽的线性响应范围方面提高生物传感器的性能,这将在此处报告的工作中得到证明。
在这项研究中,提出了一种高灵敏度、简单、易于制造、成本低的电化学 DNA 生物传感器方法,用于龙鱼幼鱼性别的高精度测定。 DNA 生物传感器由用胶体金纳米粒子 (AuNPs) 修饰的碳丝网印刷电极 (SPE) 和用 NAS 官能团功能化的聚丙烯酸酯微球构建而成。 AuNPs通过静电相互作用固定在碳SPE表面,在提高电极电导率和促进电子转移方面发挥重要作用,而丙烯酸微球(AcMPs)通过物理吸附直接沉积在AuNP修饰的SPE上。然后将龙鱼的胺化 DNA 探针共价连接到固定化的 AcMP-AuNP 复合材料上暴露的 AcMP 琥珀酰亚胺基团。通过微分脉冲伏安法 (DPV) 用蒽醌氧化还原标记检测探针-靶标杂交。掺入小而均匀的AcMPs能够保持较大的DNA负载能力,提高电化学龙鱼DNA生物传感器的灵敏度和检测限。
方法
仪器和电极
所有电化学测量均使用 Autolab PGSTAT 12 恒电位仪/恒电流仪 (Metrohm) 在 -1.0 V 至 -0.1 V 的电位窗口内的 0.02 V 阶跃电位下使用 DPV 进行。来自 Scrint Technology Co Malaysia 的 SPE 使用 AcMP 和 AuNP 修饰工作电极。棒状铂 (Pt) 电极和填充有 3.0 M KCl 内部溶液的 Ag/AgCl 电极分别用作辅助电极和参比电极。 Elma S30H超声浴用于制备均相溶液。
化学品
2-2-二甲氧基-2-苯基苯乙酮 (DMPP) 购自 Fluka。 1,6-己二醇二丙烯酸酯 (HDDA)、丙烯酸正丁酯 (nBA) 和氯化金 (III) 三水合物由 Sigma-Aldrich 提供。根据 Grabar 等人报道的方法合成胶体 AuNPs。 (1995)。十二烷基硫酸钠 (SDS) 和 NaCl 购自 Systerm。 NAS 和蒽醌-2-磺酸一水合物钠盐 (AQMS) 购自 Acros。 Milli-Q 水 (18 mΩ) 用于制备所有化学和生物溶液。 DNA 探针的原液用 0.05 M 磷酸钾缓冲液 (pH 7.0) 稀释,而互补 DNA (cDNA) 和非互补 (ncDNA) 溶液则用 0.05 M 磷酸钠缓冲液在 pH 7.0 中制备,其中含有 1.0 mM空气质量管理系统。磷酸钾缓冲液有助于最大限度地将 DNA 探针固定在琥珀酰亚胺官能化的丙烯酸材料上,而磷酸钠缓冲液为 DNA 杂交反应提供了最佳条件 [21, 22]。
亚克力微球的合成
AcMPs 是根据先前描述的方法制备的,稍作修改 [22]。简而言之,将 450 μL HDDA、0.01 g SDS、0.1 g DMPP、7 mL nBA 单体和 6 mg NAS 的混合物溶解在 15 mL Milli-Q 水中,并在室温(25 °C)下进行超声处理) 10 分钟。之后,乳液溶液在连续的 N2 气流下用紫外线光固化 600 秒。然后通过在 4000 rpm 下离心 30 分钟收集得到的聚(nBA-NAS)微球,然后在磷酸钾缓冲液(0.05 M,pH 7.0)中洗涤 3 次,并在室温下干燥。
使用丙烯酸微球制造 DNA 生物传感器
在表面改性之前,用去离子水彻底冲洗碳 SPE,用 3 mg/mL 的丙烯酸聚合物微球滴涂,并在环境条件下风干,然后用 5 mg/mL 滴涂胶体金纳米粒子。用 CV 方法检查了用 AcMPs 和 AuNPs 改性前后碳 SPE 的电化学特性。图 1 描绘了该方法,该方法由电化学 DNA 生物传感器的 3 步制造和龙鱼 cDNA 检测的 1 步组成。大约 10 μL 的胶体 AuNPs (1 mg/300 μL) 首先沉积在碳 SPE 上并在 25 °C 下风干。由于 AcMP (1 mg) 很容易悬浮在乙醇 (100 μL) 中以形成稳定的分散体,因此将 10 μL 的 AcMP 悬浮液滴涂到 AuNP 改性的 SPE 上。然后将 AcMP-AuNP 修饰的碳 SPE 浸入 300 μL 5 μM 龙鱼 DNA 探针溶液中 6 小时以进行 DNA 固定过程,并用磷酸钾缓冲液(0.05 M,pH 7.0)小心洗涤 3 次以去除未结合的捕获探针。随后将固定的 DNA 探针浸入 300 μL 含有 2 M NaCl 和 1 mM AQMS 的目标 DNA 溶液中,使 DNA 杂交和嵌入反应在一小时内发生,然后依次用 Milli-Q 水和磷酸钠冲洗缓冲液 (0.05 M, pH 7.0) 用于去除非杂交 DNA 片段和 AQMS 电化学标记的特异性结合。所有 DPV 测量均在 4.5 mL 0.05 M 磷酸钾缓冲液中进行,pH 7.0,室温。
The electrochemical DNA biosensor developed in this study demonstrated good sensitivity, wide linear response ranges, and low detection limit in the determination of arowana target DNA. In addition, the DNA biosensor showed a good response towards arowana cDNA, which implies that the electrochemical DNA biosensor could be used to successfully detect the arowana DNA segments. The developed arowana DNA biosensor can be further redesigned into a point-of-use device prototype that offers a great potential for the application in the fish culture for early identification of arowana gender and colour, which is economically advantageous in fishery and aquaculture sectors.